Os Fundos Setoriais de Ciência e Tecnologia, criados a partir de 1999 por um conjunto de Leis, são fontes de financiamento com objetivo de promover desenvolvimento e pesquisa tecnológica no País em áreas específicas da indústria. Foram instituídos também fundos transversais como o Fundo Verde-Amarelo, que rege a interação universidade-empresa, e o Fundo de Infra-Estrutura, que gera recursos para a melhoria nos Institutos de Ciência e Tecnologia (ICTs).
Fundo para o Setor Aeronáutico (CT-Aeronáutico)
Fundo Setorial de Agronegócio (CT-Agronegócio)
Fundo Setorial da Amazônia (CT-Amazônia)
Fundo para o Setor de Transporte Aquaviário e Construção Naval (CT-Aquaviário)
Fundo Setorial de Biotecnologia (CT-Biotecnologia)
Fundo Setorial de Energia (CT-Energ)
Fundo Setorial Espacial (CT-Espacial)
Fundo Setorial de Recursos Hídricos (CT-Hidro)
Fundo Setorial de Tecnologia da Informação (CT-Info)
Fundo de Infra-Estrutura (CT-Infra)
Fundo Setorial Mineral (CT-Mineral)
Fundo Setorial de Petróleo e Gás Natural (CT-Petro)
Fundo Setorial de Saúde (CT-Saúde)
Fundo Setorial de Transportes Terrestres (CT-Transportes)
Fundo Verde Amarelo (CT-FVA)
Fundo para o Desenvolvimento Tecnológico das Telecomunicações (Funttel)
Administração dos recursos
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