Os recursos dos Fundos são provenientes de contribuições incidentes sobre o resultado da exploração de recursos naturais pertencentes à União, parcelas do Imposto sobre Produtos Industrializados (IPI) e de Contribuição de Intervenção no Domínio Econômico (CIDE) incidente sobre os valores que remuneram o uso ou aquisição de conhecimentos tecnológicos/transferência de tecnologia do exterior. Exceto o Fundo para o Desenvolvimento Tecnológico das Telecomunicações (FUNTTEL), gerido pelo Ministério das Comunicações, os recursos dos demais Fundos são alocados no FNDCT e administrados pela FINEP.

Cada Fundo Setorial tem o seu Comitê Gestor, presidido por representante do MCT e integrado por representantes dos ministérios afins, agências reguladoras, setores acadêmicos e empresariais, além das agências do MCT, a FINEP e o CNPq.

Os Comitês Gestores podem definir as diretrizes, ações e planos de investimentos dos Fundos. Em 2004, foi estabelecido o Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais, com o objetivo de gerenciar os recursos. Este novo Comitê é formado pelos presidentes dos Comitês Gestores, pelos presidentes da FINEP e do CNPq, sendo presidido pelo Ministro da Ciência e Tecnologia. Cabe ao Comitê de Coordenação orientar os programas estratégicos das ações transversais baseadas na política adotada pelo MCT. A receita dos Fundos Setoriais, em geral, são aplicados em projetos selecionados por meio de chamadas públicas, cujos editais são publicados nos portais da FINEP e do CNPq.

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